Servicios y Plataformas

Proteómica

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La Unidad de Proteómica ofrece servicios analíticos de proteómica avanzada a la comunidad científica del ISPA, y también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.

Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte científico/técnico personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.

  • Identificación y caracterización de proteínas por LC-MS/MS DDA y búsqueda en base de datos

Aplicaciones especializadas:

      • Identificación masiva de proteínas
      • Identificación de PTMs
      • Metaproteómica
  • Proteómica cuantitativa:

Aplicaciones especializadas:

        • Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras
        • Descubrimiento/validación de biomarcadores
        • Caracterización de mecanismos moleculares
        • Cuantificación de PTMs
  • Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos
  • Colaboración en proyectos de investigación
  • Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas

Edificio FINBA/ISPA, planta -1.
Av. Hospital Universitario s/n – 33011 Oviedo

Correo electrónico: i.ortea@csic.es

Dr. Ignacio Ortea

Ignacio Ortea García

  • Doctor por la Universidad de Santiago de Compostela (Química Analítica)
  • Científico Titular del CSIC
  • Miembro de la Sociedad Española de Proteómica (SEProt)

 

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  • Espectrómetro de masas Q-TOF de alta resolución: ZenoTOF 7600 (Sciex)
    Fragmentación CID y EAD. Trampa Zeno para aumento de la sensibilidad. Velocidad de escaneo de hasta 133 Hz.
  • Sistema de cromatografía líquida: Evosep One (Evosep)
    Combina la separación cromatográfica en gradientes preformados con la limpieza y desalado de las muestras cargadas en puntas. Gradientes optimizados para correr de 15 a 300 muestras/día, además de dos métodos extra para análisis proteómicos de célula única.
  • Principales programas utilizados para análisis de datos
    Motores de búsqueda (ProteinPilot, MSFragger) para identificación masiva de proteínas; Fragpipe, DIA-NN, PeakView para proteómica cuantitativa label-free y DIA; Skyline y Sciex OS para PRM
  • Se deberá rellenar una solicitud de servicio, que irá firmada por el investigador principal y será entregada al personal del servicio.
  • El uso y manejo del equipamiento serán llevados a cabo por el personal técnico del servicio.
  • Antes de solicitar los servicios de la Plataforma de Proteómica, es recomendable consultar con su responsable el diseño experimental y el presupuesto del análisis.