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El confinamiento eliminó las variantes de coronavirus circulantes durante la primera ola en España

El ISPA participa en los estudios más completos sobre las variantes del coronavirus que dominaron las primeras olas en España, un trabajo liderado por el consorcio SeqCOVID.

Año y medio después de la irrupción de la pandemia de COVID-19 se publica el estudio científico más completo sobre las variantes del coronavirus que circularon por España durante la ‘primera ola’. El estudio, publicado por Nature Genetics, utilizó 2.500 muestras de pacientes diagnosticados en España durante la primera ola de la pandemia, recogidas por 40 hospitales y secuenciadas por el consorcio SeqCOVID, que liderado por el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), junto con la Universitat de València y la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio), está integrado por más de 50 instituciones españolas y cientos de investigadores, entre ellos los pertenecientes al Servicio de Microbiología del HUCA y al Grupo de Microbiología Traslacional del ISPA. Las muestras analizadas suponen un 1 % de todos los casos diagnosticados en la primera ola, el 14 % anteriores al confinamiento.

Los eventos de superdispersión y la movilidad, claves en las diferentes olas

El equipo de investigación identificó 9 variantes del virus (SEC, del inglés Spanish Epidemic Clades), que fueron las que dominaron esta primera ola en España. Dos de ellas (SEC7 y SEC8), las primeras detectadas en el país y las predominantes durante ese periodo, procedían de un linaje del SARS-CoV-2 abundante en países asiáticos en ese momento, y se asociaron al menos a dos eventos de superdispersión conocidos: el partido Atalanta-Valencia de la Champions League y un funeral de Vitoria, aunque se identificaron focos tempranos en otras partes del país. No hubo una única introducción del virus en España sino múltiples entradas independientes (al menos 500), desde distintos orígenes internacionales. Estas se dieron principalmente durante febrero y marzo de 2020, antes de la implementación de las medidas de control. Este patrón se repitió para la variante que dominó en la segunda ola (denominada 20E(EU1)), que ha dado lugar a otra publicación en Nature. Dicha variante se expandió rápidamente en España ayudada por eventos de superdispersión y terminó dominando la segunda ola en España y gran parte de Europa, asociada a la movilidad del verano.

“En el caso de Asturias, al principio de esta primera ola co-circularon hasta 6 cepas distintas pertenecientes a los linajes A y B para acabar siendo una la dominante. Este patrón en la que una variante más contagiosa acaba imponiéndose lo hemos visto también en las siguientes olas. Un ejemplo es lo ocurrido con las variantes Alpha (Británica) y Delta (India) donde ambas han coexistido con otras variantes como la brasileña Gamma, sudafricana Beta o andina Lambda pero que han acabado convirtiéndose en las variantes mayoritarias en nuestra región representando más del 90% de los aislados en cada momento” afirma Jose Antonio Boga, coordinador del Grupo de Microbiología Traslacional del ISPA.

Confinamiento eficaz

Además, el trabajo de la primera ola publicado en Nature Genetics cuantifica la efectividad de las medidas implementadas para el control del virus durante la primera ola demostrando que el confinamiento fue altamente efectivo para parar la transmisión del virus. “Estamos detectando variantes más transmisibles, pero su impacto se puede controlar con las medidas de control adecuadas. Allá donde esas medidas no han existido o son más relajadas las variantes han agravado los rebrotes” indica Iñaki Comas, investigador del CSIC en el IBV coordinador de SeqCOVID.

Vigilancia genómica durante las siguientes olas

Según el equipo de investigación del consorcio SeqCOVID, los resultados de este trabajo, así como el de la segunda ola publicado recientemente en Nature, demuestran la necesidad de incorporar la epidemiología genómica como una herramienta más de salud pública para rastrear el virus e identificar las variantes de mayor impacto. En este sentido el HUCA se dedica a la caracterización molecular de las distintas variantes que circulan en nuestro entorno. Santiago Melón, jefe de la Sección de Virología del HUCA afirma que “en nuestro laboratorio hasta el momento llevamos casi 700 muestras caracterizadas mediante técnicas de secuenciación, además de las más de 200 enviadas al consorcio. La complejidad y coste de estas técnicas han hecho que en el laboratorio de virología se hayan puesto a punto técnicas de discriminación por PCR que han permitido una caracterización preliminar de más de 12000 muestras, lo que sería imposible mediante el uso de las técnicas de secuenciación. Este sistema nos permite disponer de un conocimiento de las variantes circulantes a tiempo real”. El trabajo de SeqCOVID ha contribuido a la creación de una Red de Vigilancia Genómica Nacional dirigida por el Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias (CCAES) y coordinada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Esta red está totalmente integrada dentro de las labores asistenciales de los hospitales.

Mapa que muestra la introducción y dispersión de las principales variantes del coronavirus durante la primera ola de la pandemia en España (marzo-junio 2020). Créditos: SeqCOVID

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